Parte prima
Suzuki prega perché Cio-Cio-San non pianga più. Sono passati tre anni e Pinkerton, ripartito per l’America con la promessa di tornare in primavera, non ha più dato notizie. Per quanto Suzuki tenti di aprirle gli occhi, Butterfly continua ad aspettarlo con fiducia incrollabile.
Accompagnato da Goro, arriva Sharpless. Ha con sé con una lettera in cui Pinkerton gli annuncia il suo imminente arrivo e lo prega di informare Butterfly di essersi risposato con una americana. Il console sta per leggerla, quando arriva il principe Yamadori, un ricco pretendente che vorrebbe sposare Cio-Cio-San, ma nonostante sia ormai sull’orlo della miseria, la giovane è sorda alla proposta di matrimonio. Dopo la partenza di Yamadori, Sharpless legge la lettera, ma Butterfly continua a interromperlo e a fraintendere le parole di Pinkerton. Impietosito, il console non ha il coraggio di andare avanti e cerca di farle capire la verità in altro modo, chiedendole cosa farebbe se Pinkerton non dovesse più tornare. Lei risponde con fermezza che le alternative sono due: tornare a fare la geisha o morire. Sharpless le consiglia di pensare a se stessa e sposare il ricco Yamadori, si prepara a disilluderla, ma quando Butterfly gli mostra un bambino biondo, il figlio avuto da Pinkerton, rinuncia e se ne va profondamente turbato.
Un colpo di cannone annuncia che una nave da guerra è entrata in porto. Con un cannocchiale, Cio-Cio-San la riconosce: è proprio quella di Pinkerton, la “Abramo Lincoln”. La sua gioia è immensa, orna la casa di fiori, indossa l’abito delle nozze e, con il bambino e Suzuki, si prepara a vegliare tutta la notte in attesa di Pinkerton.